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9965 lines
2.4 MiB
Plaintext
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2020-07-26 23:48:05 +02:00
Suppl. Table 4. Mouse circRNA summary
chr,start,end,strand: coordinates in mm10 annotation
Annotation: NTO: intergenic; CTO: complete transcript overlap; AS: antisense; ITO: incomplete transcript overlap; ncRNA: non-coding RNA; INTRONIC: intronic; CDS,5UTR,3UTR: overlaps coding sequence, 5'UTR or 3'UTR; ANNOTATED: splice sites are annotated; ALT_DONOR, ALT_ACCEPTOR: not annotated splice donor or acceptor site
nExons: number of exons
length: predicted length
rawCounts: raw counts of backsplice-spanning reads in all samples in the same order as the preceding column names
allSHAM,allTAC: detected in all SHAM_mock or all TAC_mock with >=3 reads
rnoCircIndex, hsaCircIndex: index of rat,human homolog, if found
Normalized sample counts are given as backsplice-spanning reads per million uniquely aligned unspliced reads (RPM)
chr start end strand index GeneSymbol Annotation nExons length transcripts SHAM1_mock SHAM2_mock SHAM3_mock TAC1_mock TAC2_mock SHAM1_RNaseR SHAM2_RNaseR SHAM3_RNaseR TAC1_RNaseR TAC2_RNaseR rawCounts allSHAM allTAC log2AvgRNaseEnrichment rnoCircIndex hsaCircIndex
chr1 4163855 4231144 - mmuCirc_000001 NTO 1 67290 0 0.0170667097749 0.0185119210755352 0 0.0546803290450771 0.163755556840127 0 0.329821949908027 0.23866552558027 0.143361550231522 0;1;1;0;3;5;0;10;6;5 0 0 2.06302397758326 rnoCirc_009334
chr1 4197534 4228619 - mmuCirc_000002 NTO 1 31086 0 0 0 0 0.0364535526967181 0.0982533341040761 0.117146889840864 0.230875364935619 0.119332762790135 0.086016930138913 0;0;0;0;2;3;4;7;3;3 0 0 2.53999577626606 rnoCirc_009335
chr1 4197534 4231144 - mmuCirc_000003 NTO 1 33611 0.0359829012851383 0.0170667097749 0.0185119210755352 0.0576882395620293 0.0364535526967181 0.0655022227360508 0.0878601673806477 0.296839754917225 0.119332762790135 0.229378480370435 2;1;1;3;2;2;3;9;3;8 0 0 1.63565707160086
chr1 4206660 4231144 - mmuCirc_000004 NTO 1 24485 0 0 0.0185119210755352 0 0 0.0327511113680254 0.0292867224602159 0.131928779963211 0.119332762790135 0 0;0;1;0;0;1;1;4;3;0 0 0 1.8702203386551
chr1 4243133 4267620 - mmuCirc_000005 NTO 1 24488 0.0179914506425692 0 0.0740476843021408 0 0 0.196506668208152 0.205007057221511 0.395786339889633 0.119332762790135 0.086016930138913 1;0;4;0;0;6;7;12;3;3 0 0 2.67072530604656
chr1 4839387 4841132 + mmuCirc_000006 Lypla1 CTO:ANNOTATED:CDS 2 279 NM_008866 0 0 0 0 0 0 0.0585734449204318 0 0.23866552558027 0.0573446200926087 0;0;0;0;0;0;2;0;6;2 0 0 2.53945288043475
chr1 5089009 5098133 + mmuCirc_000007 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 4 412 NM_133826 0.0179914506425692 0.0341334195498 0.0370238421510704 0.115376479124059 0.0364535526967181 0.196506668208152 0.175720334761295 0.263857559926422 0.795551751934235 0.20070617032413 1;2;2;6;2;6;6;8;20;7 0 0 2.24763740062489
chr1 5089009 5101123 + mmuCirc_000008 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 5 466 NM_133826 0.0179914506425692 0.0170667097749 0 0.115376479124059 0.0911338817417952 0.491266670520381 0.585734449204318 0.692626094806858 0.994439689917794 0.401412340648261 1;1;0;6;5;15;20;21;25;14 0 1 3.55289202209803
chr1 5095615 5101123 + mmuCirc_000009 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 3 273 NM_133826 0 0 0 0 0 0 0 0.0329821949908028 0.0795551751934235 0.114689240185217 0;0;0;0;0;0;0;1;2;4 0 0 2.1575222089039
chr1 5095615 5117487 + mmuCirc_000010 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 4 371 NM_133826 0 0 0 0 0 0.0982533341040761 0.0292867224602159 0.0989465849724082 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;0;0;3;1;3;2;3 0 0 2.23179380548403
chr1 5095615 5124469 + mmuCirc_000011 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 5 564 NM_133826 0 0 0 0.0769176527493725 0 0.229257779576178 0.0585734449204318 0.428768534880436 0.477331051160541 0.229378480370435 0;0;0;4;0;7;2;13;12;8 0 0 3.22022965477482
chr1 5095615 5135937 + mmuCirc_000012 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 7 869 NM_133826 0 0 0 0.0192294131873431 0 0.0327511113680254 0.117146889840864 0.0989465849724082 0.278443113176982 0.0286723100463043 0;0;0;1;0;1;4;3;7;1 0 0 2.19192859743648
chr1 5095615 5143851 + mmuCirc_000013 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 8 971 NM_133826 0 0.0341334195498 0 0 0 0.0655022227360508 0 0.0989465849724082 0 0 0;2;0;0;0;2;0;3;0;0 0 0 1.07722811577105
chr1 5095615 5150061 + mmuCirc_000014 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 9 1085 NM_133826 0 0 0 0 0 0.0655022227360508 0 0.0659643899816055 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;0;0;2;0;2;2;3 0 0 2.23035504108502
chr1 5117390 5124469 + mmuCirc_000015 Atp6v1h CTO:ANNOTATED:CDS 2 291 NM_133826 0 0 0 0 0 0 0.0585734449204318 0.0989465849724082 0.0397775875967117 0.143361550231522 0;0;0;0;0;0;2;3;1;5 0 0 2.28897124852839 rnoCirc_009329 hsaCirc_015019
chr1 6227940 6234399 + mmuCirc_000016 Rb1cc1 CTO:ANNOTATED:CDS:5UTR 4 523 NM_009826 0 0 0.0185119210755352 0 0.0364535526967181 0.0327511113680254 0 0.0989465849724082 0.119332762790135 0.0286723100463043 0;0;1;0;2;1;0;3;3;1 0 0 1.40315946198425 rnoCirc_009324 hsaCirc_015013
chr1 7120194 7120615 + mmuCirc_000017 Pcmtd1 CTO:ANNOTATED:CDS:5UTR 1 422 NM_183028 0 0.0853335488745 0.0555357632266056 0.134605892311402 0.0546803290450771 0.655022227360508 0.292867224602159 0.791572679779266 1.23310521549806 0.516101580833478 0;5;3;7;3;20;10;24;31;18 0 1 3.18709673996522 rnoCirc_009323 hsaCirc_015009
chr1 9619550 9623128 - mmuCirc_000018 2610203C22Rik CTO:ncRNA 2 2264 NR_015470 0 0 0.0370238421510704 0 0 0.0655022227360508 0.0585734449204318 0.197893169944816 0.119332762790135 0.0573446200926087 0;0;2;0;0;2;2;6;3;2 0 0 2.15115022683329
chr1 10074860 10082346 + mmuCirc_000019 Cspp1 CTO:ANNOTATED:CDS 3 252 NM_026493 0.0359829012851383 0 0 0.115376479124059 0 0.360262225048279 0.205007057221511 0.329821949908027 0.556886226353964 0.258050790416739 2;0;0;6;0;11;7;10;14;9 0 0 3.25459399524886 rnoCirc_009319
chr1 10074860 10085952 + mmuCirc_000020 Cspp1 CTO:ANNOTATED:CDS 5 516 NM_026493 0 0 0 0 0 0.0655022227360508 0 0.0989465849724082 0 0 0;0;0;0;0;2;0;3;0;0 0 0 2.33410193586794 rnoCirc_009318 hsaCirc_015067
chr1 10082253 10096013 + mmuCirc_000021 Cspp1 CTO:ANNOTATED:CDS 7 849 NM_026493 0 0 0 0 0.0364535526967181 0.327511113680254 0.0292867224602159 0.131928779963211 0.119332762790135 0.143361550231522 0;0;0;0;2;10;1;4;3;5 0 0 2.53578087003638 rnoCirc_009314
chr1 10151801 10154410 - mmuCirc_000022 Arfgef1 CTO:ANNOTATED:CDS 4 478 NM_001102430 0 0 0 0 0 0.0327511113680254 0.0585734449204318 0.0329821949908028 0.0397775875967117 0.086016930138913 0;0;0;0;0;1;2;1;1;3 0 0 1.75291567198008
chr1 11061326 11068115 + mmuCirc_000023 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 3 300 NM_029525 0.0719658025702766 0.0341334195498 0.0185119210755352 0.0576882395620293 0 0.818777784200635 0.322153947062375 0.659643899816055 0.994439689917794 0.172033860277826 4;2;1;3;0;25;11;20;25;6 0 0 3.39214146711705 hsaCirc_015082
chr1 11061326 11080124 + mmuCirc_000024 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 4 402 NM_029525 0 0 0 0 0.0364535526967181 0.0655022227360508 0.146433612301079 0 0.0795551751934235 0.0573446200926087 0;0;0;0;2;2;5;0;2;2 0 0 1.98064243201677
chr1 11061326 11089878 + mmuCirc_000025 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 5 564 NM_029525 0 0 0 0 0 0 0.0292867224602159 0 0.23866552558027 0 0;0;0;0;0;0;1;0;6;0 0 0 2.49710746400626 hsaCirc_015083
chr1 11068011 11080124 + mmuCirc_000026 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 2 207 NM_029525 0 0 0 0 0.0546803290450771 0.0327511113680254 0.146433612301079 0.131928779963211 0.119332762790135 0.0286723100463043 0;0;0;0;3;1;5;4;3;1 0 0 1.91284705646251 rnoCirc_009307
chr1 11089717 11101167 + mmuCirc_000027 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 3 400 NM_029525 0 0 0 0.0384588263746862 0 0.0327511113680254 0.0292867224602159 0.230875364935619 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;2;0;1;1;7;2;3 0 0 1.90471953079807
chr1 11107603 11123863 + mmuCirc_000028 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 5 550 NM_029525 0 0 0 0 0 0.0655022227360508 0.0292867224602159 0.0329821949908028 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;0;0;2;1;1;2;3 0 0 1.90487753296965
chr1 11136765 11142797 + mmuCirc_000029 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 4 458 NM_029525 0 0 0 0 0 0 0 0 0.159110350386847 0 0;0;0;0;0;0;0;0;4;0 0 0 3.16277680474228
chr1 11139956 11142797 + mmuCirc_000030 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 3 385 NM_029525 0 0 0 0 0 0.0327511113680254 0.117146889840864 0.0329821949908028 0.0397775875967117 0.0286723100463043 0;0;0;0;0;1;4;1;1;1 0 0 1.68901300568057
chr1 11139956 11162401 + mmuCirc_000031 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 8 1073 NM_029525 0 0 0.0185119210755352 0 0 0 0 0.131928779963211 0 0 0;0;1;0;0;0;0;4;0;0 0 0 1.98001819089488
chr1 11169853 11170791 + mmuCirc_000032 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 2 431 NM_029525 0.0179914506425692 0 0.0185119210755352 0.0192294131873431 0.018226776348359 0.0982533341040761 0.0585734449204318 0.197893169944816 0.278443113176982 0.0573446200926087 1;0;1;1;1;3;2;6;7;2 0 0 2.01131713054427 rnoCirc_009298
chr1 11181855 11204168 + mmuCirc_000033 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 8 941 NM_029525 0 0 0 0 0 0.0655022227360508 0 0.0659643899816055 0.198887937983559 0.0573446200926087 0;0;0;0;0;2;0;2;5;2 0 0 2.40078064496232 rnoCirc_009296 hsaCirc_015089
chr1 11181855 11208655 + mmuCirc_000034 Prex2 CTO:ANNOTATED:CDS 9 1085 NM_029525 0.0539743519277075 0.0341334195498 0.0555357632266056 0.0384588263746862 0 0.229257779576178 0.263580502141943 0.36280414489883 0.357998288370406 0.315395410509348 3;2;3;2;0;7;9;11;9;11 0 0 2.648752208322 rnoCirc_009295 hsaCirc_015090
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chr1 77398494 77401324 - mmuCirc_000267 Epha4 CTO:ANNOTATED:CDS 3 397 NM_007936 0 0 0 0 0.018226776348359 0 0.0585734449204318 0 0.119332762790135 0 0;0;0;0;1;0;2;0;3;0 0 0 1.27997363331196
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chr11 108434126 108440596 + mmuCirc_001762 Cep112 CTO:ANNOTATED:CDS:5UTR 3 478 NM_029606 0.323846111566245 0.2218672270737 0.111071526453211 0.403817676934205 0.309855197922104 3.47161780501069 2.51865813157857 4.8154004686572 6.762189891441 2.95324793476935 18;13;6;21;17;106;86;146;170;103 1 1 3.82268386749002 rnoCirc_002157 hsaCirc_006831
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chr12 105799651 105805008 + mmuCirc_002245 Papola CTO:ANNOTATED:CDS 3 323 NM_011112 0 0 0.0370238421510704 0.0192294131873431 0 0.163755556840127 0.263580502141943 0.263857559926422 0.357998288370406 0.286723100463044 0;0;2;1;0;5;9;8;9;10 0 0 3.30963387673022 hsaCirc_005139
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chr14 11721115 11721219 + mmuCirc_002781 Ptprg CTO:ANNOTATED:CDS 1 105 NM_008981 0.0179914506425692 0.0341334195498 0.0185119210755352 0 0.0364535526967181 0.0982533341040761 0.0292867224602159 0.0329821949908028 0.0795551751934235 0.114689240185217 1;2;1;0;2;3;1;1;2;4 0 0 1.1066021676668 rnoCirc_004014 hsaCirc_010425
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chr14 11952716 12037436 + mmuCirc_002783 Ptprg CTO:ANNOTATED:CDS 3 425 NM_008981 0 0 0 0.0192294131873431 0.018226776348359 0.0655022227360508 0.0292867224602159 0.131928779963211 0.119332762790135 0.0286723100463043 0;0;0;1;1;2;1;4;3;1 0 0 1.69990576619637 rnoCirc_004011 hsaCirc_010430
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chr4 136316361 136319507 + mmuCirc_006845 Hnrnpr CTO:ANNOTATED:CDS:5UTR 3 346 NM_001277121:NM_001277122:NM_001277123:NM_028871 0 0.0170667097749 0 0.0192294131873431 0 0.0327511113680254 0 0.0989465849724082 0.0397775875967117 0 0;1;0;1;0;1;0;3;1;0 0 0 0.922247074218954
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chr4 150500003 150534945 + mmuCirc_006946 Rere CTO:ANNOTATED:CDS 4 373 NM_001085492 0 0 0 0.0192294131873431 0 0 0.0292867224602159 0.131928779963211 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;1;0;0;1;4;2;3 0 0 1.99407641294656 rnoCirc_010072 hsaCirc_000031
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chr4 155609839 155612737 + mmuCirc_006974 Slc35e2 CTO:ANNOTATED:CDS:5UTR 4 866 NM_177186 0 0.0170667097749 0 0.0192294131873431 0 0.163755556840127 0.0292867224602159 0.164910974954014 0.159110350386847 0 0;1;0;1;0;5;1;5;4;0 0 0 2.25259773962349 rnoCirc_010100
chr4 155820329 155823693 + mmuCirc_006975 Ccnl2 CTO:ALT_DONOR:CDS 6 900 NM_207678 0.0179914506425692 0 0 0.0192294131873431 0.018226776348359 0.0655022227360508 0 0.164910974954014 0.119332762790135 0 1;0;0;1;1;2;0;5;3;0 0 0 1.31824735139179 rnoCirc_010106
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chr4 156217923 156218066 - mmuCirc_006977 Perm1 AS:CTO 1 144 NM_172417 0.143931605140553 0 0.129583447528746 0.153835305498745 0.109360658090154 0.131004445472102 0.0585734449204318 0.164910974954014 0.23866552558027 0.0573446200926087 8;0;7;8;6;4;2;5;6;2 0 1 0.398551944229411
chr4 156217962 156218066 - mmuCirc_006978 Perm1 AS:CTO 1 105 NM_172417 0.0179914506425692 0.0341334195498 0.0555357632266056 0.0769176527493725 0.0364535526967181 0.196506668208152 0 0.0329821949908028 0.0795551751934235 0.143361550231522 1;2;3;4;2;6;0;1;2;5 0 0 0.426832401908824
chr5 3558473 3559698 + mmuCirc_006979 Fam133b CTO:ANNOTATED:CDS 4 264 NM_001042501 0.0179914506425692 0.0341334195498 0 0.0192294131873431 0 0.131004445472102 0.351440669522591 0.263857559926422 0.357998288370406 0.143361550231522 1;2;0;1;0;4;12;8;9;5 0 0 2.97896970648472
chr5 3575623 3577344 + mmuCirc_006980 1700109H08Rik CTO:ANNOTATED:CDS 2 261 NM_029843 0.0539743519277075 0 0.092559605377676 0.0769176527493725 0.0546803290450771 0.196506668208152 0.0878601673806477 0.131928779963211 0.318220700773694 0.0573446200926087 3;0;5;4;3;6;3;4;8;2 0 1 1.25336338770542
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chr5 123997364 123997480 + mmuCirc_007484 Hip1r CTO:ANNOTATED:CDS 1 117 NM_145070 0.0359829012851383 0 0 0 0 0.131004445472102 0.146433612301079 0.0659643899816055 0.0795551751934235 0 2;0;0;0;0;4;5;2;2;0 0 0 2.22691081336019 rnoCirc_002862
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chr6 129180633 129184313 + mmuCirc_008107 Clec2d CTO:ALT_ACCEPTOR:CDS:5UTR 3 420 NM_053109 0 0.0341334195498 0 0.0192294131873431 0.018226776348359 0.0982533341040761 0.0292867224602159 0.395786339889633 0.357998288370406 0.086016930138913 0;2;0;1;1;3;1;12;9;3 0 0 2.3092540393885
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chr6 134062068 134066465 + mmuCirc_008110 Etv6 INTRONIC 1 4398 NM_007961 0 0 0 0 0 0.131004445472102 0.0292867224602159 0.230875364935619 0.357998288370406 0.086016930138913 0;0;0;0;0;4;1;7;9;3 0 0 2.90262952612299
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chr6 134066307 134073055 + mmuCirc_008112 Etv6 INTRONIC 1 6749 NM_007961 0 0 0 0 0 0 0 0 0.119332762790135 0.0573446200926087 0;0;0;0;0;0;0;0;3;2 0 0 2.37588178681901
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chr7 19411122 19414203 - mmuCirc_008246 Ckm AS:CTO 1 3082 NM_007710 0.0539743519277075 0.0512001293247 0.0555357632266056 0 0 0 0 0.0329821949908028 0 0.0573446200926087 3;3;3;0;0;0;0;1;0;2 1 0 -0.569814080235535
chr7 19414129 19414233 + mmuCirc_008247 Ckm CTO:ALT_DONOR:ALT_ACCEPTOR:CDS:5UTR 1 105 NM_007710 0 0 0 0 0 0.131004445472102 0.0878601673806477 0.0329821949908028 0.0795551751934235 0.086016930138913 0;0;0;0;0;4;3;1;2;3 0 0 2.29496721673445
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chr7 128767567 128772362 + mmuCirc_008627 Sec23ip CTO:ANNOTATED:CDS 2 294 NM_001029982 0 0.0170667097749 0 0 0 0.131004445472102 0.0292867224602159 0.0659643899816055 0.159110350386847 0.0286723100463043 0;1;0;0;0;4;1;2;4;1 0 0 1.9754422630372
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chr9 123568924 123579047 + mmuCirc_009767 Sacm1l CTO:ANNOTATED:CDS 5 421 NM_030692 0 0.0341334195498 0.0370238421510704 0.0384588263746862 0 0.163755556840127 0.146433612301079 0.164910974954014 0.318220700773694 0.086016930138913 0;2;2;2;0;5;5;5;8;3 0 0 2.291192005391 rnoCirc_012233
chr9 123790888 123801317 - mmuCirc_009768 Fyco1 CTO:ALT_DONOR:CDS:3UTR 4 2279 NM_148925:NM_001110253 0 0 0 0 0 0 0 0.0329821949908028 0.119332762790135 0 0;0;0;0;0;0;0;1;3;0 0 0 2.10298512151359
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chrX 49051732 49062349 - mmuCirc_009805 Enox2 CTO:ANNOTATED:CDS 4 761 NM_001271447:NM_001271448:NM_001271449:NM_001271450:NM_001271451:NM_145951 0.0179914506425692 0.0170667097749 0 0.0192294131873431 0.0546803290450771 0.131004445472102 0 0.197893169944816 0.318220700773694 0.20070617032413 1;1;0;1;3;4;0;6;8;7 0 0 1.84351068067626 rnoCirc_013071
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chrX 101451587 101464079 + mmuCirc_009871 Itgb1bp2 ITO:ALT_DONOR:CDS:3UTR 1 12493 NM_013712 0 0 0 0 0 0 0.0292867224602159 0.0989465849724082 0.0397775875967117 0 0;0;0;0;0;0;1;3;1;0 0 0 1.81768188957208
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